□■　メインストーリー粗筋　■□

◇伝説系の時代編 気が遠くなるほど昔、まだポケモンと人間が同じ種族で、結婚も自由に出来た頃。ポケモンが人間を奴隷化するようになり、それに反発した人間(この頃は人間もポケモンのように魔法が使えた)との間で戦争が勃発。ポケモン対人間の戦争は全世界に広がり結果ポケモンも人間も滅亡寸前となる。世界の生みの親である双子の２柱、ポケモンの神アルセウスの泊鏡(ハクキョウ)と、人間の神の朗碧(ロウヘキ)は世界を存続させるため、人間からは魔法を奪い、ポケモンは人型にならぬようにし、全ての記憶を消した。それにより力を使い果たした２柱。泊鏡は亜次元で眠りにつき、朗碧も力の大部分を失う。こうして今の世界が出来た。 ◇ブラック・ホワイト編 まだポケモンが人型になれることが知られておらず、ポケモンが完全に動物扱いされていた時代。ポケモンの鳴き声を解読することが出来る(ポケモン語が分かる)特異体質の少年ローレンスとキョウヤが主人公。ローレンスはポケモンを人間から解放するためにプラズマ団に加担してしまい、そんなローレンスを止めにいくキョウヤのストーリーです。ローレンスとキョウヤによってポケモンが人型になれることが発見され、世界の変革が始まっていきます。 ◇ブラック・ホワイト２編 ＢＷ編から数年後のイッシュ地方。ローレンスはジムリーダーに、キョウヤはポケモンの研究者になっています。世界的にポケモンが人型になれることが認知されていきます。 ◇ブラック・ホワイト２その後編 ローレンスは言論の力でポケモンを救おうと、牧師のかたわらポケモンに人権を与える人権運動の活動家になります。キョウヤは科学的側面からポケモンと人間の平等を証明するため、ポケモンと人間のハーフ、つまりミュウの作成の研究を進めます。しかしキョウヤは殺され朗碧(通称サトシ)に研究内容を全て奪われてしまいます。 ◇ルビー・サファイア・エメラルド編 サトシはキョウヤの研究内容を日本へ流し、結果日本は世界で初めてミュウ作成に成功します。この頃軍事国家である日本は、軍備増強のため強いポケモンとそれを使役する強いトレーナーを育成しています。ミュウの少女ヒロとミュウの青年イチローが出合い、理不尽な境遇に懸命にあらがって生きていきます。 ◇ルビー・サファイア・エメラルドその後編 成長したヒロとイチローは結婚し、実子一寛を設けます。ヒロは実験体として使われていたため早くに亡くなり、その後イチローは軍のトップの座まで上り詰めます。しかし彼がミュウであることを危惧した人間の幹部達により、国賊の汚名を着せられ殺されてしまいます。この時初めてミュウの存在が一般市民に認知されます。 ◇不思議のダンジョン編 一寛は世界で唯一のミュウの子供、つまりミュウツーなため、稀少性から処刑は免れ研究所送りになります。身内を全て失い失意の底に居る一寛の夢のなかにサーナイトが現れ、未来を救って欲しいと頼みます。一寛は眠っている間は記憶を失い不思議のダンジョンの世界で友や銀羅針と世界を救う旅をし、起きている間は実験体として過ごします。 ◇ミュウツーの逆襲編 一寛が未来を無事救った頃、覚醒薬(危機覚醒型のミュウを意思覚醒させる薬)が完成し、研究者であった夕顔の協力を得て、一寛は研究所にいたポケモンやミュウ達と共に反乱を起こします。反乱にはしいたげられていたポケモンのほか伝説系も加わり、圧倒的な武力で日本を制圧します。一寛は大総統となり、ポケモンと人間が平等な国作りを始めます。 ◇ダイパプラチナ編 一寛の治世に反発した人間も多く、日本は一部が別国として独立し分割されてしまいます。そうして出来た北の小国(シンオウ地方)が舞台です。ミュウツーの逆襲編の動乱に乗じて東北の研究所から逃げ出したミュウの双子･大煕と波瑠、そして何も知らずに大煕や波瑠と仲良しになった少年幸総がポケモンマスターを目指して旅を始めます。しかし死んでいった身内を時間を巻き戻して救いたいと願う一寛がディアルガを召喚しようとし、そこに一寛暗殺を目論む日本の反一寛派から送り込まれたミュウの昼子も登場。大煕や波瑠や幸総も巻き込まれていきます。 ◇ダイパプラチナその後編 一寛は時間を巻き戻すことを諦め、ディアルガを頂点にいただく伝説系の一員となります。大煕、波瑠、昼子はエムリットの実子のミュウであることが判明し、家族としての絆を築いていきます。 ◇ＸＹ編 日本がサトシからの技術供与でミュウ生産を続ける一方、キョウヤの体を奪いその記憶を継いだゼルネアスにより、伝説系もミュウの作出に成功しています。そうして生まれたミュウのシエルと、人間のダニエルが主人公。カロス地方の不穏な気配を察知したディアルガの命で、一寛の部下の秋刀と光太が送り込まれています。 ◇炎赤・葉緑編 ダイパ・プラチナから７年後の、日本のカントー地方を舞台としています。一寛と銀羅針の子供である良宙と、良宙の幼馴染みの孝太郎が主人公です。一寛の治世が安定した日本は、シンオウとの国交を再開しています。しかし南とは敵対関係が続いており、平和に見えるカントーにもホウエンからのテロが仕掛けられようとしています。 ◇ハートゴールド・ソウルシルバー編 炎葉・葉緑編から数年後、良宙の影武者を務める軍人・英司と、良宙の部下の響が主人公。一寛の治世で禁止されたポケモンを操る電波の研究を秘密裏に進めていた響がついに実験に踏み切り、それを止めにいく英司のお話です。